La història segueix a l'Otonashi, un adolescent que perd els records de la seva vida després de morir. Al despertar a l'altra vida, coneix la Yuri, una noia que el convida a unir-se a la Shinda Sekai Sensen (SSS), una organització que es dedica a lluitar contra Déu, i que tindrà com a enemic l'Angel, la presidenta del consell de l'escola.

En Keitaro finalment ha superat els exàmens d’accés i és oficialment un estudiant de la Toudai. Però després de trencar-se la cama en un accident durant la cerimònia d’entrada, va meditar i es va repensar la vida. Amb nous objectius, en Keitaro acompanya en Seta en un viatge d'arqueologia a l'estranger. Durant la seva absència, però, no tot va bé a la pensió Hinata. Hi apareix la Kanako Urashima, la germana d'en Keitaro. Afirma que és la nova propietària de la pensió Hinata i comença a anar en contra de tots els llogaters. Les coses encara es compliquen més quan reben una carta d'en Keitaro. Els inquilins i Kanako en fan una de grossa mirant d'aconseguir la carta, però el cotxe d'en Seta s'estavella abans que ningú pugui llegir la carta...

A l'extrem oriental del món hi ha una cavitat enorme, anomenada Abís, on viuen misterioses criatures i descansen relíquies d'antigues civilitzacions. La Riko vol ser com la seva mare, una dels xiulets blancs més famosos que exploren l'Abís i de qui fa temps que ningú no sap res. És per això que decideix emprendre un viatge cap a les profunditats de l'Abís. L'acompanya en Reg, un autòmat que la Riko troba en una expedició i que com que no recorda res del seu passat, vol conèixer d'on ha vingut i per què, unes preguntes que semblen lligades a l'Abís.

En Takao, qui està estudiant per ser sabater, se salta l'escola per dissenyar sabates en un jardí d'estil japonès. Allà es troba amb una misteriosa dona, la Yukino, que és més gran que ell. Llavors, sense ser intencionat, els dos comencen a veure una vegada i una altra, però només en dies de pluja. Els dos aprofundeixen la seva relació i s'obren l'un a l'altre. Però la fi de la temporada de pluges s'acosta...

La sèrie segueix a Koko Hekmatyar, una jove traficant d'armes que ven armes sota la HCLI, una corporació de transport marítim internacional que, secretament, s'ocupa del comerç d'armes. Com un dels traficants d'armes clandestins de l'empresa, ella d'amagat ven armes a molts països, evitant alhora a les autoritats locals i les agències de seguretat ja que gran part del seu treball és il·legal segons el dret internacional. Viatja amb ella el seu equip de guardaespatlles que està compost majoritàriament per ex-militars veterans. La seua última incorporació al seu equip és Jonah, un nen soldat aparentment sense emocions que és expert en el combat armat; però que irònicament odia als traficants d'armes.

En Hinata és un geni dels dibuixos, i està enamorat de la seva companya de classe, la Shigure. Però resulta que és un noi molt tímid i força maldestre, així que només expressa els seus sentiments amb la imaginació i amb els dibuixos. Un dia, la família de la Shigure decideix traslladar-se a una altra ciutat. El dia que la Shigure se'n va, en Hinata decideix confessar-li els seus sentiments, i emprèn una cursa contra el temps per tal de perseguir el tren que s'enduu la Shigure.

Una cabra anomenada Mei s'endinsa en un graner una nit per protegir-se d'una tempesta. Allà es troba amb un altre refugiat. Els dos no es poden veure ni olorar l'un a l'altre, no obstant això, s'amunteguen per protegir-se del fred i comencen a parlar establint una amistat. Els dos decideixen tornar-se a trobar i acorden dir la contrasenya "una nit de tempesta" per reconèixer l'un a l'altre. L'endemà, quan es troben, la Mei s'assabenta que el seu company era un llop anomenat Gabu. Malgrat la seva predisposició natural com enemics, comparteixen un vincle comú i comencen a reunir-se regularment. No obstant això, el ramat de la Mei i la bandada d'en Gabu s'assabenten de la seva relació i prohibeixen l'amistat.

Un anime amb dues històries paral·leles: En Hirono Hiro és un pobre noi de secundària que ha de dibuixar manga shoujo per poder portar-se el pa a la boca. I no ho fa per obligació, ja que és una passió per a ell. Curiosament, la seva ambició artística és més gran que la seva passió pels estudis i al cap i a la fi l'únic que li importa és sortir de la ciutat on viu per ser algú gran... Curiosament, és aquesta la mateixa finalitat de certa noia... Una nit freda de nadal, la bicicleta del jove és robada després d'haver conegut una estranya dona en una Església... Va rere el delinqüent i se sorprèn en veure que es tracta de la Miyamura Miyako, que ha acabat tirada al terra. La noia anava rere un subjecte que li va robar i ambdós no poden evitar somriure davant de l'incident. Poc després comencen a sortir i gaudir de la vida escolar junts. El que no sap el nostre protagonista és que darrere d'aquella faceta tan energètica de la Miyako (la qual tots admiren), es troba una noia que desitja, igual com ell, ser lliure de tots aquests lligams i anar-se'n de la ciutat... Cap a on els portarà el destí? I... serà un destí només per a ells dos? L'altra història gira al voltant d'en Renji Aso i la Chihiro Shindo. Un dia, en Renji es troba la Chihiro en una estació de tren. Abans de separar-se, accepten trobar-se una altra vegada el dia següent a l'estació de tren. Tanmateix, per què pregunta la Chihiro al tornar-lo a veure si és la persona que es va trobar ahir? Per què porta un ull tapat?