La Reial Acadèmia de Machinart es va fundar juntament amb el desenvolupament del "Machinart", màgia de màquines capaç de donar vida i intel·ligència a nines mecàniques. El seu objectiu: formar titellaires qualificats per controlar les nines, ja que els militars de tot el món han començat a incorporar Machinart als seus exèrcits. Després de suspendre miserablement els exàmens d’accés a l’acadèmia, en Raishin Akabane i la seva autòmata humanoide Yaya han de derrotar un dels cent millors estudiants per a guanyar-se el dret a participar a l’Evening Party, una lluita per la supremacia entre titellaires que utilitzen els seus autòmats. A l'últim que sobrevisqui se li concedeix el títol de "Savi" i se li concedeix accés a les poderoses arts prohibides. Per tant, en Raishin desafia la Charlotte Belew i el seu autòmat Sigmund a un duel, però fins i tot abans que comencin, en Sigmund és atacat per altres estudiants. Després de salvar als seus oponents dels seus agressors, en Raishin cancel·la el duel, però es veu obligat a trobar una nova manera d’accedir a l’Evening Party. Impulsat per les tragèdies del seu passat, en Raishin lluita al costat de la Yaya per pujar al cim i reclamar el títol de Savi.

Després de perdre la seva germana fa set anys, la vida d'en Satsuki Kakeru queda completament buida, i només serà capaç de tornar a portar una vida normal amb l'ajuda de la seva amig de la infància, la Yuka Minase, i altres amics de l'escola. Un dia sobtadament, el cel es torna vermell i la lluna negra. Tothom al voltant d'en Kakeru i la Yuka desapareix, i uns monstres comencen a aparèixer pels carrers. Ells només són capaços de fugir i amagar-se, però després d'un temps, tot torna a la normalitat. Però just quan pensaven que allò havia estat només un somni, la Nit Roja es produeix de nou.

En un futur pròxim, al Japó, la Llei de Millora dels Mitjans de Comunicació s'utilitza contra la població, provocant la censura de tota mena de llibres i mitjans. Per a protegir-se d'aquesta llei, es crea la Força de Defensa de les Biblioteques: totes les grans biblioteques estan equipades amb un grup de treball militar, que s’encarrega de protegir els llibres i la llibertat dels mitjans de comunicació. Una història d’amor, una història de guerra i una comèdia, tot alhora.

Al primer capítol hi ha preses falses i un resum dels primers 21 capítols de la sèrie. Al segon capítol, en un viatge escolar a una vila rústica, l'Ataru troba un pergamí que li ha caigut a una ninja, la Kaede. El seu mestre ninja fa que miri de recuperar-lo tot fingint tenir afecció per l'Ataru. Però la Lamu es presenta per a protegir el seu estimat. Així que el mestre obté dues noies ninja i un clan de nadons ninja.

Després d’haver participat sense saber-ho en un segrest, l’estudiant universitari Yuuya Nomoto troba els seus amics assassinats brutalment per la Hitomi Uzaki, la noia de secundària que havien provat de segrestar. Obligat a conduir-la a un lloc desconegut, es troba apostat com a premi d'un duel a mort entre dos Therianthropes, híbrids superpoderosos d'animals i humans creats mitjançant una teràpia genètica avançada. Com a un d'aquests híbrids, la Hitomi utilitza la rapidesa i la por que va obtenir dels seus gens per a desfer-se de l'enemic i salvar en Yuuya d'una mort segura. En despertar-se hores després, esperant que tot fos només un malson, en Yuuya s’adona que s’ha embolicat en una guerra interna entre quatre grans conglomerats de negocis japonesos, on el guanyador es farà amb el control de l’economia. Com a únic inversor involuntari, la seva vida està ara directament relacionada amb la capacitat de la Hitomi de participar en encontres subterranis d'un esport sanguinari coneguts com a Killing Bites.