En Yuichi Katagiri ha patit de problemes econòmics tota la vida, però amb el temps ha après a veure-ho amb optimisme gràcies als amics del seu redol. Per tal de mantenir una promesa que els havia fet, en Yuichi estalvia doblers a bastament per a poder anar amb ells a un viatge amb l'institut, però quan han recollit tots els diners, aquests desapareixen misteriosament. Tot d'una, les sospites se centren en dos dels amics d'en Yuichi: na Shiho Sawaragi i en Makoto Sihbe, que s'encarregaven de la recollida i custòdia dels doblers. Al cap d'uns dies, en Yuichi i els seus amics reben una carta misteriosa que els enreda perquè es trobin tots el vespre. Després de ser víctimes d'una emboscada i quedar inconscients, desperten en un lloc misteriós on es veuran exposats a uns jocs que posaran a prova la seva amistat.

L'agent Crepuscle, el millor espia de la nació de Westalis, s'ha d'infiltrar en una escola privada d'elit. Per a fer-ho, assumeix la identitat del psiquiatra Loid Forger, adopta una noia òrfena i es casa amb una treballadora de l'ajuntament. Tot i que ell no ho sap, la seva filla Anya és telèpata i la seva dona Yor és una assassina. Tots tres aprenen a ser una família mentre treballen per completar les missions d'en Crepuscle i mantenir la pau mundial.

Després de la mort dels seus pares, en Shinpei Ajiro va anar a viure amb les germanes Kofune, la Mio i l'Ushio, però ara fa dos anys que viu a Tokyo. Quan l'Ushio s'ofega intentant salvar la jove Shiori Kobayakawa, en Shinpei torna a casa per plorar-ne la mort. Tot i això, unes marques al coll de l'Ushio fan que se'n qüestioni la causa. En Shinpei està segur que hi ha d'haver una altra explicació. Uns éssers misteriosos vaguen entre els habitants de l'illa, i una visió de la difunta Ushio li diu a en Shin que protegeixi la Mio.