Roanapur, a Tailàndia, és una ciutat depravada i plena de crim, on ni tan sols les autoritats ni les esglésies se salven de les urpes de la corrupció. Un refugi per a condemnats i degenerats per igual, la ciutat és notòria per ser el centre d'activitats i operacions il·legals, sovint alimentades per sindicats del crim locals. Hi coneixem en Rokurou Okajima, un empresari japonès mitjà que ha tingut una vida avorrida i monòtona, i que finalment té la possibilitat de canviar de ritme amb un viatge per a lliurar material al sud-est asiàtic. El seu viatge de negocis s'enfonsa ràpidament quan és capturat per un grup de mercenaris que operen a Roanapur, anomenat Black Lagoon. El grup té previst utilitzar-lo com a intercanvi en unes negociacions que finalment fracassen. Abandonat i traït pel seu antic patró, en Rokurou decideix unir-se a Black Lagoon. Per a sobreviure, s’ha d’adaptar ràpidament al seu nou entorn i preparar-se per al vessament de sang i la tribulació que s’acosta. Black Lagoon, un thriller sense aturador i d'alta intensitat, s’endinsa en les profunditats de la moral i la virtut humanes.