La sèrie té lloc en un futur post-apocalíptic on la humanitat ha estat portada al límit per les bèsties gegants conegudes com klaxosaures.

La Wisteria és una noia òrfena que viu en un indret de l'Imperi Britànic a finals del segle XIX. La seva vida és miserable, fins que es troba amb Marbas, un ésser immortal poderós i amb un aspecte pelut, però igualment solitari, que era perseguit pels caçadors. Junts, la Wisteria i Marbas recorren l'Imperi, poblat per humans i bèsties semblants a humans, a la recerca d'un lloc on puguin viure junts en pau.

Fa una dècada, un tràgic naufragi va separar la Fena Houtman del seu amic de la infància, en Yukimaru, i es va prendre la vida del seu pare. Ara, amb 23 anys, està atrapada en una illa i condemnada a passar la resta de la seva vida venent-se als homes. Durant la nit en què s'ha de casar per força amb un client, la Fena trama un pla per a escapar-se dels seus amos, però dos vells coneguts intervenen inesperadament i l'ajuden a fugir. Tots tres s'afanyen cap a mar obert i desembarquen a l'illa Goblin, un lloc misteriós que és la llar d'un clan de guerrers ferotges. És allà on la Fena s'assabenta que el desafortunat viatge final del seu pare era a la recerca d'un lloc anomenat "Edèn", la ubicació d'alguna cosa important que havia de protegir. Amb res més que un cristall com a pista, la Fena s'haurà d'encarregar de trobar aquest lloc, ja que és l'única persona que ho pot fer. Mentre encara recerca el que el seu pare va deixar enrere, la Fena es retroba amb en Yukimaru, que l'anima a continuar l'aventura. Ara capitana d'una tripulació de set persones, la Fena haurà de navegar per alta mar a la recerca de l'Edèn. Però a mesura que grups estranys comencen a atacar-la, el perillós viatge resulta ser encara més difícil del que semblava anteriorment.

Beelzebub tracta sobre el delinqüent juvenil més fort, l'Oga Tatsumi, estudiant de primer any a l'institut Ishiyama, l'escola per a delinqüents. Durant una revenja, l'Oga es troba "casualment" amb el fill del dimoni; com que és el pitjor delinqüent (el més malvat i el més fort), és elegit per a tenir-ne cura. Tot provant de desfer-se del merder que li ha caigut a sobre, comença a cercar per tot l'institut algú pitjor que ell que s'encarregui del nadó, tot derrotant a tot aquell qui es troba al seu pas i destruint l'institut, de passada.