En un futur llunyà, des que la Terra s'ha superpoblat, han començat els esforços per trobar i colonitzar altres planetes. No obstant això, una de les naus, la "Mesopotàmia" funciona malament i tots els seus tripulants, menys 6, moren. Els 6 restants aconsegueixen escapar a un planeta proper anomenat "Terra ll", que és similar a la Terra en molts aspectes. No obstant això, tots són homes. Per això, per no perdre els seus esforços, comencen a establir 6 països i a reproduir-se mitjançant la clonació i l'enginyeria genètica. Tanmateix, encara no hi ha dones, i per compensar-ho creen androides femenines avançades realistes anomenades "Marionetes" que fan les tasques i treballs quotidians. Tanmateix, totes són màquines sense emocions. Però un dia, un noi normal anomenat Otaru troba i desperta 3 Marionetes de tipus de batalla especials que tenen emocions a causa d'un "Circuit de Donzella" dins d'elles. Depèn d'ell llavors ensenyar-lis i permetre que les seves emocions creixin, i quan un país proper amenaça de dominar el món, correspon a l'Otaru i a les seves Marionetes "humanes" protegir el seu país.

Creada per celebrar el 20è aniversari de la sèrie, "La Màgica Doremi: Comèdia teatral!" és una minisèrie de 26 curts còmics protagonitzats per la Doremi i les seves amigues. Amb uns dissenys chibis i un toc de l'època actual al món de la Doremi, aquests curts trauran unes rialles a qualsevol fan de la sèrie.