Rere la seguretat dels murs, creix una comunitat educada per robots. Encara que pugui semblar avorrit, els nens i nenes estan plens de potencial i curiositat. Es podria considerar el Paradís. El món exterior és un infern. Gairebé no hi queda tecnologia i ara l'habiten uns éssers sobrenaturals estranys però poderosos.

En Maru, amb l'ajuda de la Kiruko, camina pel que havia estat Tòquio cercant el Paradís, però potser el Paradís no és més que un somni.

En Kongming, General dels Tres Regnes, va lluitar durant tota la seva vida, enfrontant-se a innombrables batalles que el van convertir en l'estratega consumat que era. Així, al seu llit de mort, va desitjar renéixer en un món pacífic... i va ser enviat directament al centre de Tòquio, la capital de la festa! Podrà un estratega brillant com en Kongming adaptar-se als ritmes salvatges a la encara més salvatge gent?!

Un any després que els aventurers fossin transportats al món del joc "Elder Tale", la prosperitat d'Akiba es comença a veure amenaçada després de l'aparició d'un nou monstre anomenat "Genius", una lluita de poder entre els aristòcrastes d'Est i Oest, i una creixent escletxa de poder entre els propis aventurers. Finalment, la Taula Rodona, el símbol de la seva unitat, farà front a aquests problemes.

Diversos anys després d'un incident que va submergir el món en el caos, el món torna a estar en pau. Shadowverse s'ha tornat encara més popular, i l'Acadèmia de Batalla de Shadowverse (Acadèmia Shadoba) s'ha establert per a formar jugadors professionals.
En Light Tenryuu, un alumne de vuitè, rep la petició de trasllat d'en Wolfram Zelga, el fundador de l'Acadèmia. En Light, un complet novell de Shadowverse, decideix unir-se a un "Shadoba Club" perquè el seu millor amic, en Subaru Makabe, volia que ho fes. Els Shadoba Clubs són clubs formats per estudiants que es prenen seriosament Shadowverse, i n'hi ha set. En Light, per casualitat, decideix unir-se a un d'aquests clubs, Seventh Flame. Però Seventh Flame només té un membre i corre el perill de ser eliminat! Per tal de mantenir el club viu, en Light, juntament amb la Itsuki Mitsutagawa, la cap de Seventh Flame, i en Subaru Makabe, decideixen cercar nous membres. Però hi ha una persona sospitosa que s'amaga a l'ombra: en Haruma Hazeura, el cap del club Shadoba "First Reaper"...

En un futur llunyà, la guerra ha destruït tota la Terra, deixant només un erm àrid on el subministrament d’aigua està controlat pel rei cobdiciós. A la recerca d’un llac perdut, el Sheriff Rao va demanar ajuda al rei dels dimonis... i va aconseguir el fill del rei, Beelzebub, i el seu assistent, en Thief. Junts, l’improbable trio travessa el desert, enfrontant-se a dracs, bandits i l’enemic més mortífer de tots... el mateix exèrcit del rei!

L’Allen Crawford és un bruixot misantrop conegut com a «Senyor Dimoni». Un dia, mentre fa vida solitària, es troba una noia jove anomenada Charlotte que s’ha desmaiat al bosc. Resulta que, malgrat ser innocent, l’han acusada de diversos crims, li han anul·lat el matrimoni i ha hagut d’abandonar el seu país. En saber això, l’Allen recorda l’agonia que va patir quan el seu antic grup de companys el va trair. Després de sentir la història de la jove, decideix deixar-la viure a la seva mansió i ensenyar-li tota mena de coses dolentes... Es pot reparar un cor trencat amb una vida desenfrenada? Tots dos ho descobriran ben aviat!

Acceptant reptes, aprenent dels fracassos, superant obstacles i vencent els millors del món, en Satoshi aconsegueix finalment el seu somni. El seu esperit aventurer, però, continua sent-hi, i no deixa d’explorar noves regions, descobrir Pokémon desconeguts i forjar amistats i rivalitats inesperades. A mesura que el món obre els seus amplis horitzons a en Satoshi, ell torna a trobar-se amb les persones que van ajudar a donar forma al seu transcendental camí cap a l’èxit. Un viatge llegendari s’acosta a la seva fi, però un altre de completament nou està a punt de començar, amb l’etern vincle entre els humans i els Pokémon.