Els Quatre Herois Llegendaris són un grup d'homes corrents del Japó actual convocats al regne de Melromarc per convertir-se en els seus salvadors. Melromarc és un país assolat per les Onades de Catàstrofe que han assolat repetidament la terra i han portat desastres als seus ciutadans durant segles. Els quatre herois reben respectivament una espasa, una llança, un arc i un escut per vèncer aquestes Onades. Naofumi Iwatani, un otaku, és maleït amb el destí de ser "l'Heroi de l'Escut". Armat només amb un escut petit, Naofumi és menyspreat i ridiculitzat pels seus companys herois i pel poble del regne a causa de les seves febles capacitats ofensives i la seva personalitat mediocre.

Quan els herois reben recursos i camarades amb qui entrenar, Naofumi parteix amb l'única persona disposada a entrenar al seu costat, Malty Melromarc. Aviat, però, ella el traeix i l'acusa falsament d'aprofitar-se d'ella. Naofumi llavors és molt discriminat i odiat pel poble de Melromarc per alguna cosa que no va fer. Amb una tempesta furiosa de dolor i desconfiança al cor, Naofumi comença el seu viatge per enfortir-se a si mateix i la seva reputació. Més endavant, però, apareix la dificultat d'estar sol, així que Naofumi compra un esclava semihumana a punt de morir anomenada Raphtalia perquè l'acompanyi en els seus viatges.

A mesura que les Onades s'acosten al regne, Naofumi i Raphtalia han de lluitar per la supervivència del regne i protegir el poble de Melromarc del seu desafortunat futur.

Ben endins del Bosc de la Foscor hi viu la Luna, una bruixa fosca. El cos de la Luna és especial, i per allà on passa i a tot allò que toca hi surten bolets verinosos. A més, si una persona la toca, a aquesta se li comença a podrir la pell i fins i tot pot provocar-li la mort. És per això que la gent sol evitar-la i no són gaire amables amb ella. Així i tot, a la Luna no li molesta.

Un dia, mentre és al riu, es troba un jove ferit, en Lize.

La Guerra pel Calze Sagrat és una batalla entre set mags que esdevenen Màsters. Els Màsters, gràcies als segells de comandament que reben per participar en la guerra, poden donar ordres a Esperits Heroics coneguts com a servents perquè lluitin per a ells. Durant la cinquena guerra, la Rin Tohsaka es troba entre els mags participants. Juntament amb el seu servent, l'Archer, espera obtenir el gran premi: el Calze Sagrat, un artefacte màgic capaç de concedir qualsevol desig a qui el posseeixi.
Un dels companys d'institut de la Rin, en Shirô Emiya, entra a la competició sense voler i acaba tenint el seu propi servent, anomenada Saber. A mesura que es troben els mateixos enemics, la Rin i en Shirô decideixen formar una aliança temporal mentre s'enfronten als seus contrincants durant la Guerra pel Calze Sagrat.

Jodio Joestar, un adolescent que viu a l'illa d'Oahu, aspira a tornar-se extremadament ric descobrint el funcionament dels mecanismes. Mentre planeja com aconseguir el seu objectiu, una història imprevisible es desenvoluparà en les illes de llum i foscor.