En els darrers anys de l'era Bakumatsu va viure un llegendari assassí anomenat Hitokiri Battousai. Temut com a assassí sense pietat, no tenia igual a tot el país, però va desaparèixer misteriosament al punt àlgid de la Revolució japonesa. Han passat deu anys pacífics d'ençà, però la simple menció d'en Battousai continua causant terror al cor dels veterans de guerra. Sense que ells ho sàpiguen, en Battousai ha abandonat el seu estil de vida sanguinari per a mirar de penedir-se dels seus pecats, i ara viu sota el nom de Kenshin Himura, un espadatxí vagabund amb una actitud alegre i una voluntat forta. Amb la voluntat de no tornar a matar, en Kenshin es dedica a protegir els febles. Un dia, topa amb la Kaoru Kamiya al seu dojo de kendo, que està sent amenaçada per un impostor que diu ser en Battousai. Després de rebre ajuda d'en Kenshin, la Kaoru li permet romandre al dojo, de manera que l'exassassí deixa temporalment els seus viatges. La sèrie explica la història d'en Kenshin mentre s'esforça per salvar els qui cal salvar. Tanmateix, a mesura que comencin a aparèixer enemics tant del passat com del present, serà el reformat assassí capaç de defensar els seus nous ideals?

Al París del segle XVIII, es troba un taüt flotant al riu Sena. Duu el cadàver de la noble Lia de Beaumont, una espia del rei Lluís XV i el germà petit de la qual, Charles d'Eon, tot just ha estat nomenat cavaller. Quan es produeixen diverses desaparicions a París, el jove cavaller creu que poden estar relacionades amb la mort de la seva germana. Amb l'esperança de trobar-ne els assassins, d'Eon s'uneix a la policia secreta per a investigar els incidents. Seguint-ne les pistes, conclouen que una conspiració entre membres de la noblesa francesa i russa, esperonada per una secta, pot estar darrere de les desaparicions. D'Eon conclou que la Lia podria haver descobert la veritat mentre estava en una missió, i, de resultes d'això, va ser assassinada. Aquella nit, la policia secreta ha d’arrestar el duc d’Orléans sota la sospita de ser el cervell de l'operació. Un dels seus propis companys es transforma en un dimoni i massacra el grup. D'Eon mira de rescatar-ne l'únic supervivent, però acaba descobrint que ell també s'ha transformat. Durant la dura batalla, d'Eon és posseït per l'ànima venjativa de la Lia, que pren el comandament del seu cos i mata el dimoni. Ara, d'Eon ha d'aconseguir aliats i mirar de descobrir a fons l'origen d'aquesta conspiració sobrenatural.

Els Amanto, alienígenes de l'espai exterior, van envair la Terra i conquistar l'antic Japó feudal. Com a resultat, es va establir la prohibició de les espases, i els samurais del Japó han pràcticament desaparegut com a conseqüència.
Tot i així hi ha un home, en Gintoki Sakata, que encara té l'esperit d'un samurai, tot i que pel seu amor pels dolços i el seu treball a la Yorozuya (Treballs de tot tipus a canvi de diners), ningú ho diria. Acompanyant-lo en totes les seves aventures hi són el Shinpachi Shimura, un noi amb ulleres i un fort cor, i la Kagura amb el seu para-sol i un estómac que pareix no tenir fons, també en Sadaharu, el seu gos gegant. És clar, els treballs que fan els de la Yorozuya no són sempre fàcils, molts cops acaben envolts amb la policia, rebels, assassins... Portant a situacions poc afortunades i molt còmiques.

Les guerres civils al Japó donen lloc a les princeses generals. Yoshiharu Sagara, un jove de l'era contemporània, viatja des del futur per solucionar l'entrellat.

En Kuroshi Megumi és un jove que té una maledicció que ha estat a la seva família durant generacions. Una maledicció que els obliga a servir la família Kogami. Però aquesta família té un accident i només en queda una supervivent...