En els darrers anys de l'era Bakumatsu va viure un llegendari assassí anomenat Hitokiri Battousai. Temut com a assassí sense pietat, no tenia igual a tot el país, però va desaparèixer misteriosament al punt àlgid de la Revolució japonesa. Han passat deu anys pacífics d'ençà, però la simple menció d'en Battousai continua causant terror al cor dels veterans de guerra. Sense que ells ho sàpiguen, en Battousai ha abandonat el seu estil de vida sanguinari per a mirar de penedir-se dels seus pecats, i ara viu sota el nom de Kenshin Himura, un espadatxí vagabund amb una actitud alegre i una voluntat forta. Amb la voluntat de no tornar a matar, en Kenshin es dedica a protegir els febles. Un dia, topa amb la Kaoru Kamiya al seu dojo de kendo, que està sent amenaçada per un impostor que diu ser en Battousai. Després de rebre ajuda d'en Kenshin, la Kaoru li permet romandre al dojo, de manera que l'exassassí deixa temporalment els seus viatges. La sèrie explica la història d'en Kenshin mentre s'esforça per salvar els qui cal salvar. Tanmateix, a mesura que comencin a aparèixer enemics tant del passat com del present, serà el reformat assassí capaç de defensar els seus nous ideals?

En un alternativa època feudal del Japó, insectes gegants coneguts com "Mushi" comencen a aparèixer i a atacar la gent. Des de fa 100 anys estan portant el terror i la mort al país.