Amb la graduació marxen els membres més majors del club i Takezou acaba sent l'únic membre del club de "koto" (un instrument tradicional japonès de corda).

Fa molt de temps, tots els humans vivien sota el mar. No obstant això, algunes persones van preferir la superfície i van abandonar la vida sota l'aigua de manera permanent. Com a conseqüència d'això, van ser despullats de la protecció anomenada "Ena", que els permetia respirar sota l'aigua. Amb el temps, la fractura entre els habitants del mar i de la superfície es va anar ampliant, malgrat que el contacte entre tots dos pobles encara existia. "Nagi no Asukara" segueix la història de la Hikari Sakishima i la Manaka Mukaido, juntament amb les seves amigues de la infància, la Chisaki Hiradaira i la Kaname Isaki, que es veuen obligades a abandonar el mar i assistir a un institut de la superfície. Allà, el grup també coneix en Tsumugu Kihara, un company d'estudis i pescador que estima el mar. La Hikari i les vides dels seus amics es veuen obligades a canviar, ja que han de fer front a l'odi i a la discriminació entre la gent del mar i de la superfície, alhora que als canvis de les seves vides personals, i a una tempesta imminent que podria significar la mort per a tots els qui habiten a la superfície.

El protagonista Yuuki Oojima, assisteix a l'Acadèmia Privada Takafuji, una escola gran amb més de 6.000 estudiants. Yuuki és membre del Club de Recerca Alimentària, també abreujat com "Shokken", juntament amb altres set persones, incloent a la seua amiga de la infància Chisato Sumiyoshi.

Chizuru Yoshida obté el que desitja dels seus amants masculins amb els seus encants, mostrant-se de vegades freda i manipuladora, però mai ha estat enamorada de ningú...fins que apareix Azumi, una nova alumna que és transferida a la seva mateixa classe. Sense poder acceptar estar enamorada d'altra noia, travessa una breu etapa de còlera i negació plantejant-se proves per a convèncer-se que podria sentir-se atreta per qualsevol, menys per una noia tan simple, tímida i ingènua. A causa de la seva desesperació i que constantment pensa en Azumi, resol finalment tornar-se la seva amiga.

L'Aida Shizuka és a tres dies de ser executat per assassinar cruelment a la seva família quan un shinigami (déu de la mort) ve a visitar-lo. És la seva germana petita Hibiki, que ha vingut a assegurar-se que la seva ànima va a l'infern. La Hibiki té una altra missió en aquest viatge: concedir-li un últim desig a una nena que pateix d'una malaltia cardíaca, i arrossega el seu germà condemnat juntament amb ella. Aviat es fa evident que les coses no són tan simples com semblen, i fins i tot la culpabilitat de la Shizuka es posa en dubte. La Hibiki i la Shizuka prometen buscar junts la veritat sobre la mort de la seva família.