Un any després que la seva amiga difunta Meiko Honma se'ls aparegués, en Jinta Yadomi i els altres membres dels Super Peace Busters decideixen escriure cartes en la seva memòria. Tractant de gaudir junts de l'estiu, recorden el temps junts abans i després de la seva mort.
"AnoHana: La pel·lícula" retrata els principals esdeveniments de la història principal sota la perspectiva de cada membre dels Super Peace Busters.