L’any 2027, un any després de la finalització de la IV Guerra Mundial no nuclear, ha esclatat una bomba a la ciutat de Newport, i ha mort un important traficant d’armes que podria tenir vincles amb la misteriosa organització 501. L'oficial de Seguretat Pública Daisuke Aramaki contracta la usuària de la pròtesi cibernètica de cos complet i hacker extraordinària Motoko Kusanagi perquè ho investigui.