Fa molt de temps, tots els humans vivien sota el mar. No obstant això, algunes persones van preferir la superfície i van abandonar la vida sota l'aigua de manera permanent. Com a conseqüència d'això, van ser despullats de la protecció anomenada "Ena", que els permetia respirar sota l'aigua. Amb el temps, la fractura entre els habitants del mar i de la superfície es va anar ampliant, malgrat que el contacte entre tots dos pobles encara existia. "Nagi no Asukara" segueix la història de la Hikari Sakishima i la Manaka Mukaido, juntament amb les seves amigues de la infància, la Chisaki Hiradaira i la Kaname Isaki, que es veuen obligades a abandonar el mar i assistir a un institut de la superfície. Allà, el grup també coneix en Tsumugu Kihara, un company d'estudis i pescador que estima el mar. La Hikari i les vides dels seus amics es veuen obligades a canviar, ja que han de fer front a l'odi i a la discriminació entre la gent del mar i de la superfície, alhora que als canvis de les seves vides personals, i a una tempesta imminent que podria significar la mort per a tots els qui habiten a la superfície.

Després de graduar-se, la principal prioritat de la Mai Kawai era trobar una feina amb uns ingressos estables. No obstant això, tot i haver-se presentat a molts exàmens, gairebé arreu li denegaven l'entrada. L'únic lloc on la van acceptar va ser una acadèmia de policia, a la qual es va incorporar de mala gana. I fins i tot ara que ja és una oficial de policia real, el món continua sent cruel amb la Mai: a causa de la seva professió, rep constantment crítiques de ciutadans descontents. Desanimada pel tracte hostil, decideix presentar una carta de renúncia després de pocs mesos treballant. Però el mateix dia que la Mai decideix renunciar, coneix la Seiko Fuji, una antiga geni de la Divisió d'Afers Criminals que és assignada a la seva comissaria. Com que la seva nova companya de feina és encantadora, la Mai decideix no anar-se'n i dóna una segona oportunitat a la seva feina poc inspiradora.

La Mai és una estudiant de 15 anys que després d'haver rebut burles molts cops pel seu aspecte, comença una nova vida estant prima i canviant la seva manera de vestir a la seva nova escola, on vol trobar el seu xicot perfecte. Ja el primer dia coneix en Sen Ishigaki, un noi molt guapo i popular del qual s'acaba enamorant, però al qual no és capaç d'expressar els seus sentiments, ja que en Yaezou Azumak, un gran amic d'en Sen, adverteix la Mai que en Sen és seu i que no permetrà que li prengui.