La història està ambientada a la ciutat de Minami Shimabara, preferctura de Nagasaki. Un dia d'estiu, l'Akane, amiga de la infància d'en Shiro, torna a Minami Shimabara des de Tòquio. Juntament amb en Tokiya, un altre amic de tota la vida, trobaran de sobte una criatura anomenada Goron. Aquesta trobada amb una simple criatura farà que es tornin a desenvolupar grans esdeveniments en aquesta ciutat...