La Kurisu ha tornat a Akihabara després d'un any als Estats Units, i encara que ella i l'Okabe tenen una reunió una mica romàntica, el seu temps junts no durarà molt. L'Okabe comença a veure imatges d'altres línies de temps fins que arriba al punt que desapareix de la vista i dels records de tots. La Kurisu haurà de lluitar contra els seus propis sentiments per decidir si segueixen el camí científic i seguir les paraules de l'Okabe de no retrocedir en el temps per fer-lo tornar, o deixar-se emportar per les emocions i anar a salvar la persona més preuada, tot i els efectes perillosos que pot causar en el món.