La Yorozuya d'en Gintoki i els seus amics (o millor dit, els empleats sota grans violacions laborals), en Shinpachi i la Kagura, viuen a la futurista i infestada d'aliens Edo. Accepten qualsevol treball que els hi ofereixen intentant no involucrar-se en coses massa perilloses. Però quan en Katsura, líder de la facció Joui rebel dels Amanto (alienígenes), i amic de la infància d'en Gintoki, desapareix després de ser atacat per un assassí desconegut, en Shinpachi i la Kagura comencen una investigació per esbrinar que ha passat. Mentrestant, en Gintoki troba una feina aparentment no relacionada, un ferrer anomenat Tetsuya li demana ajuda a en Gintoki per recuperar una estranya i poderosa espasa anomenada Benizakura, que havia estat recentment robada.

Les dues investigacions s'acaben creuant, i la Yorozuya acaba envolta en mig d'una conspiració contra el govern envoltada per la "màgia" de l'espasa Benizakura. Tot això acaba amb un enfrontament a gran escala amb vells aliats i enemics en la primera saga important i seriosa de Gintama.

Conjunt de films relacionats amb la sèrie «Musculman».

A Ikkitousen, la regió de Kanto, al Japó, està enmig d'una guerra entre set instituts diferents. Entre els estudiants d’aquests instituts n'hi ha alguns en concret que tenen unes perles sagrades. Aquestes magatama alberguen les ànimes dels guerrers que van lluitar durant l'Era dels Tres Regnes de la història xinesa. Aquests estudiants no només són beneïts amb habilitats que obtenen de les ànimes a les quals estan lligades, sinó que també són beneïts, o potser maleïts, amb els destins d’aquests guerrers del passat. Un d’aquests estudiants és la Hakufu Sonsaku; una jove, solidària i intel·ligent, que recentment s'ha traslladat a l'Acadèmia de Nanyo i viurà amb el seu cosí, en Koukin Shuyu. L’arribada de la Hakufu crea una sensació de tensió gairebé immediata a causa del seu poder com a lluitadora i la possibilitat que sigui ella qui porti l’esperit del cap de guerra xinès Sun Ce. Els combatents més poderosos de Nanyo, coneguts com "Els Quatre Grans", són sobtats per la seva presència i estan decidits a impedir que la Hakufu aconsegueixi l'objectiu que li va donar la seva mare: conquerir aquells qui la desafiïn i unir els set instituts.