Fa molt de temps, tots els humans vivien sota el mar. No obstant això, algunes persones van preferir la superfície i van abandonar la vida sota l'aigua de manera permanent. Com a conseqüència d'això, van ser despullats de la protecció anomenada "Ena", que els permetia respirar sota l'aigua. Amb el temps, la fractura entre els habitants del mar i de la superfície es va anar ampliant, malgrat que el contacte entre tots dos pobles encara existia. "Nagi no Asukara" segueix la història de la Hikari Sakishima i la Manaka Mukaido, juntament amb les seves amigues de la infància, la Chisaki Hiradaira i la Kaname Isaki, que es veuen obligades a abandonar el mar i assistir a un institut de la superfície. Allà, el grup també coneix en Tsumugu Kihara, un company d'estudis i pescador que estima el mar. La Hikari i les vides dels seus amics es veuen obligades a canviar, ja que han de fer front a l'odi i a la discriminació entre la gent del mar i de la superfície, alhora que als canvis de les seves vides personals, i a una tempesta imminent que podria significar la mort per a tots els qui habiten a la superfície.

Les guerres civils al Japó donen lloc a les princeses generals. Yoshiharu Sagara, un jove de l'era contemporània, viatja des del futur per solucionar l'entrellat.

La Kayano és una estudiant d’institut i, quan per fi es decideix a declarar-se al noi que li agrada, res no li surt bé! Per començar, li dóna la carta a un altre noi! I després, resulta que aquest és el fill del director de l’institut, l’home que actualment està sortint amb la seva mare. Què més li espera?