La Yorozuya d'en Gintoki i els seus amics (o millor dit, els empleats sota grans violacions laborals), en Shinpachi i la Kagura, viuen a la futurista i infestada d'aliens Edo. Accepten qualsevol treball que els hi ofereixen intentant no involucrar-se en coses massa perilloses. Però quan en Katsura, líder de la facció Joui rebel dels Amanto (alienígenes), i amic de la infància d'en Gintoki, desapareix després de ser atacat per un assassí desconegut, en Shinpachi i la Kagura comencen una investigació per esbrinar que ha passat. Mentrestant, en Gintoki troba una feina aparentment no relacionada, un ferrer anomenat Tetsuya li demana ajuda a en Gintoki per recuperar una estranya i poderosa espasa anomenada Benizakura, que havia estat recentment robada.

Les dues investigacions s'acaben creuant, i la Yorozuya acaba envolta en mig d'una conspiració contra el govern envoltada per la "màgia" de l'espasa Benizakura. Tot això acaba amb un enfrontament a gran escala amb vells aliats i enemics en la primera saga important i seriosa de Gintama.

A Ikkitousen, la regió de Kanto, al Japó, està enmig d'una guerra entre set instituts diferents. Entre els estudiants d’aquests instituts n'hi ha alguns en concret que tenen unes perles sagrades. Aquestes magatama alberguen les ànimes dels guerrers que van lluitar durant l'Era dels Tres Regnes de la història xinesa. Aquests estudiants no només són beneïts amb habilitats que obtenen de les ànimes a les quals estan lligades, sinó que també són beneïts, o potser maleïts, amb els destins d’aquests guerrers del passat. Un d’aquests estudiants és la Hakufu Sonsaku; una jove, solidària i intel·ligent, que recentment s'ha traslladat a l'Acadèmia de Nanyo i viurà amb el seu cosí, en Koukin Shuyu. L’arribada de la Hakufu crea una sensació de tensió gairebé immediata a causa del seu poder com a lluitadora i la possibilitat que sigui ella qui porti l’esperit del cap de guerra xinès Sun Ce. Els combatents més poderosos de Nanyo, coneguts com "Els Quatre Grans", són sobtats per la seva presència i estan decidits a impedir que la Hakufu aconsegueixi l'objectiu que li va donar la seva mare: conquerir aquells qui la desafiïn i unir els set instituts.

Intel·ligent, refinada i sorprenentment bella, la mitat russa i mitat japonesa Alisa Mikhailovna Kujou és considerada l'ídol de la seua escola. Amb el seu llarg cabell platejat, els seus fascinants ulls blaus i la seua pell excepcionalment clara, ha capturat els cors d'innombrables estudiants homes i al mateix temps és molt admirada per tots els altres. Així i tot, a causa de la seua personalitat aparentment inaccessible, tots continuen sent cautelosos amb la xica quasi perfecta.

Una de les poques excepcions és el company de banc de Alisa, Masachika Kuze, un xic relativament mitjà que passa els seus dies veient anime i jugant jocs de cota. Malgrat el seu comportament indiferent, Masachika és l'únic estudiant que rep l'atenció de Alisa. Incapaç de ser completament honesta, Alisa sovint és dura amb Masachika i només expressa el seu afecte en rus. No obstant això, sense que ella ho sàpia, Masachika realment entén l'idioma però simplement fingix el contrari per a la seua pròpia diversió.

A mesura que l'estranya parella continua intercanviant comentaris enginyosos i divertits, la seua relació es torna gradualment més romàntica i encantadora, i Alisa podria finalment aprendre a transmetre lliurement els seus verdaders sentiments.