Els Amanto, alienígenes de l'espai exterior, van envair la Terra i conquistar l'antic Japó feudal. Com a resultat, es va establir la prohibició de les espases, i els samurais del Japó han pràcticament desaparegut com a conseqüència.
Tot i així hi ha un home, en Gintoki Sakata, que encara té l'esperit d'un samurai, tot i que pel seu amor pels dolços i el seu treball a la Yorozuya (Treballs de tot tipus a canvi de diners), ningú ho diria. Acompanyant-lo en totes les seves aventures hi són el Shinpachi Shimura, un noi amb ulleres i un fort cor, i la Kagura amb el seu para-sol i un estómac que pareix no tenir fons, també en Sadaharu, el seu gos gegant. És clar, els treballs que fan els de la Yorozuya no són sempre fàcils, molts cops acaben envolts amb la policia, rebels, assassins... Portant a situacions poc afortunades i molt còmiques.

Fa una dècada, un tràgic naufragi va separar la Fena Houtman del seu amic de la infància, en Yukimaru, i es va prendre la vida del seu pare. Ara, amb 23 anys, està atrapada en una illa i condemnada a passar la resta de la seva vida venent-se als homes. Durant la nit en què s'ha de casar per força amb un client, la Fena trama un pla per a escapar-se dels seus amos, però dos vells coneguts intervenen inesperadament i l'ajuden a fugir. Tots tres s'afanyen cap a mar obert i desembarquen a l'illa Goblin, un lloc misteriós que és la llar d'un clan de guerrers ferotges. És allà on la Fena s'assabenta que el desafortunat viatge final del seu pare era a la recerca d'un lloc anomenat "Edèn", la ubicació d'alguna cosa important que havia de protegir. Amb res més que un cristall com a pista, la Fena s'haurà d'encarregar de trobar aquest lloc, ja que és l'única persona que ho pot fer. Mentre encara recerca el que el seu pare va deixar enrere, la Fena es retroba amb en Yukimaru, que l'anima a continuar l'aventura. Ara capitana d'una tripulació de set persones, la Fena haurà de navegar per alta mar a la recerca de l'Edèn. Però a mesura que grups estranys comencen a atacar-la, el perillós viatge resulta ser encara més difícil del que semblava anteriorment.

La història de Yahyu Muneakira, un jove que assisteix a l'Acadèmia Buou, una acadèmia gegant situada a la base del Mont Fuji, on les persones entrenen per a ser guerrers samurais.