L'any 2029, la ciutat de Niihama s'ha convertit en una metròpoli tecnològicament avançada. Gràcies a les grans millores en cibernètica, els seus ciutadans poden substituir les seves extremitats per parts robòtiques. El món ara està més interconnectat que mai, i la Secció de Seguretat Pública 9 de la ciutat és responsable de combatre la corrupció, el terrorisme i altres amenaces perilloses després d'aquest canvi cap a la globalització.

La forta major Motoko Kusanagi de la Secció 9 encapçala un cas que involucra un misteriós hacker conegut només com el "Mestre Titellaire", que deixa un rastre de víctimes despullades dels seus records. Com molts en aquest món futurista, el cos del Mestre Titellaire és gairebé completament robòtic, cosa que els dona un poder increïble.

A mesura que Motoko i els seus subordinats segueixen el rastre de l'enigmàtic criminal, altres parts, inclosa la Secció 6, comencen a involucrar-se, obligant-la a afrontar la naturalesa extremadament complicada del cas. Reflexionant sobre diverses preguntes filosòfiques, com ara el significat de la seva pròpia vida, Motoko aviat s'adona que qui proporcionarà aquestes respostes no és altre que el mateix Mestre Titellaire.

Al Japó, durant el seu apogeu econòmic a mitjans dels anys cinquanta, el circ era una forma d'entreteniment que es va convertir en una part central de la vida de molta gent. Les millors companyies poden participar en el festival mundialment famós "Circus Collection", i moltes venen de tot el Japó per competir diàriament.

La història se centra en la companyia "Circ Gira-sol", liderada per la mestra de cerimònies Maria, i una nova nena prodigi que s'uneix a les seves files per raons desconegudes: Mizuka Tsurumaki.

És la seva trobada amb les membres altament singulars de la companyia Circ Gira-sol una coincidència o el destí? Comença aquest espectacle circense únic que representa noies joves perseguint els seus somnis!

Cada any, la família Ushiromiya participa en una conferència familiar amb el seu excèntric líder de la família Kinzo Ushiromiya a l'illa de Rokkenjima. No obstant això, la seua salut està en les últimes i la família pensa que no li queda molt de temps. Mentre que un tifó s’abat a l’exterior, la lluita per l’herència i el títol d’hereu de Kinzo també s’intensifica al menjador de la mansió Ushiromiya.

Battler, un dels nets de Kinzo, després de sis anys ha tornat a Rokkenjima, esperant que la conferència no fora res de l’altre món. Malgrat que el seu iaio té unes intencions totalment diferents; comença un esperpèntic joc, reptant a tots els presents a l’illa a trobar el seu or amagat. Aquell que el trobe també rebrà la millor de les recompenses: el lideratge de la família. Tot i que acaba involucrant a la família en un ritual per a reviure a la bruixa mil·lenària de Rokkenjima, Beatrice.

A contracorrent, Battler no creu en la veracitat de l’ocultisme; malauradament, es veurà forçat a qüestionar-se si tot el que passa es deu a la màgia.

Dins un lloc tancat, uns robots crien el jovent com una mena de guarderia. Encara que semble una vida avorrida, el jovent està ple de curiositat i emoció. Aquest lloc és com un tros del cel. No saben res del que hi ha fora d'on viuen, d'on sempre han viscut. Es diu que hi ha monstres per tot el món exterior.

Maru, amb l'ajuda de la Kiruko, va creuant les ruïnes de l'antiga Tòquio cercant un lloc que anomenen "el cel". Després de portar tant de temps cercant-lo, es pregunta si potser era tot un conte de fades.