La Touka Kuroizu és una assistent d'investigació que pertany al Departament de Desenvolupament de Monstres de la malvada organització Agastia. Tanmateix, l'enemic contra el qual ha de lluitar ara mateix no són els herois de la justícia, sinó el seu cap. Mentre existeixi la justícia, el mal també existirà. Aquesta és la història d'aquells que lluiten en secret a l'ombra de la justícia i l'enfrontament del mal.

Al París del segle XVIII, es troba un taüt flotant al riu Sena. Duu el cadàver de la noble Lia de Beaumont, una espia del rei Lluís XV i el germà petit de la qual, Charles d'Eon, tot just ha estat nomenat cavaller. Quan es produeixen diverses desaparicions a París, el jove cavaller creu que poden estar relacionades amb la mort de la seva germana. Amb l'esperança de trobar-ne els assassins, d'Eon s'uneix a la policia secreta per a investigar els incidents. Seguint-ne les pistes, conclouen que una conspiració entre membres de la noblesa francesa i russa, esperonada per una secta, pot estar darrere de les desaparicions. D'Eon conclou que la Lia podria haver descobert la veritat mentre estava en una missió, i, de resultes d'això, va ser assassinada. Aquella nit, la policia secreta ha d’arrestar el duc d’Orléans sota la sospita de ser el cervell de l'operació. Un dels seus propis companys es transforma en un dimoni i massacra el grup. D'Eon mira de rescatar-ne l'únic supervivent, però acaba descobrint que ell també s'ha transformat. Durant la dura batalla, d'Eon és posseït per l'ànima venjativa de la Lia, que pren el comandament del seu cos i mata el dimoni. Ara, d'Eon ha d'aconseguir aliats i mirar de descobrir a fons l'origen d'aquesta conspiració sobrenatural.

La vida normal de l'otaku Hajime Nagumo, de 17 anys, es veu interrompuda quan ell i els seus companys són transportats a un món de fantasia i tenen la tasca de salvar la humanitat. Mentre que els seus companys de classe tenen habilitats impressionants útils en combat, en Hajime és menyspreat perquè tan sols té una habilitat de transmutació inferior sense cap mena de poder ofensiu real. Quan acaba separat del seu grup dins d'una masmorra, en Hajime es veu obligar a descobrir el seu propi talent o bé deixar-hi la pell.

La Mai és una estudiant de 15 anys que després d'haver rebut burles molts cops pel seu aspecte, comença una nova vida estant prima i canviant la seva manera de vestir a la seva nova escola, on vol trobar el seu xicot perfecte. Ja el primer dia coneix en Sen Ishigaki, un noi molt guapo i popular del qual s'acaba enamorant, però al qual no és capaç d'expressar els seus sentiments, ja que en Yaezou Azumak, un gran amic d'en Sen, adverteix la Mai que en Sen és seu i que no permetrà que li prengui.

Beelzebub tracta sobre el delinqüent juvenil més fort, l'Oga Tatsumi, estudiant de primer any a l'institut Ishiyama, l'escola per a delinqüents. Durant una revenja, l'Oga es troba "casualment" amb el fill del dimoni; com que és el pitjor delinqüent (el més malvat i el més fort), és elegit per a tenir-ne cura. Tot provant de desfer-se del merder que li ha caigut a sobre, comença a cercar per tot l'institut algú pitjor que ell que s'encarregui del nadó, tot derrotant a tot aquell qui es troba al seu pas i destruint l'institut, de passada.