Fa molt de temps, tots els humans vivien sota el mar. No obstant això, algunes persones van preferir la superfície i van abandonar la vida sota l'aigua de manera permanent. Com a conseqüència d'això, van ser despullats de la protecció anomenada "Ena", que els permetia respirar sota l'aigua. Amb el temps, la fractura entre els habitants del mar i de la superfície es va anar ampliant, malgrat que el contacte entre tots dos pobles encara existia. "Nagi no Asukara" segueix la història de la Hikari Sakishima i la Manaka Mukaido, juntament amb les seves amigues de la infància, la Chisaki Hiradaira i la Kaname Isaki, que es veuen obligades a abandonar el mar i assistir a un institut de la superfície. Allà, el grup també coneix en Tsumugu Kihara, un company d'estudis i pescador que estima el mar. La Hikari i les vides dels seus amics es veuen obligades a canviar, ja que han de fer front a l'odi i a la discriminació entre la gent del mar i de la superfície, alhora que als canvis de les seves vides personals, i a una tempesta imminent que podria significar la mort per a tots els qui habiten a la superfície.

El protagonista Yuuki Oojima, assisteix a l'Acadèmia Privada Takafuji, una escola gran amb més de 6.000 estudiants. Yuuki és membre del Club de Recerca Alimentària, també abreujat com "Shokken", juntament amb altres set persones, incloent a la seua amiga de la infància Chisato Sumiyoshi.

En Ryouta Satou va morir per excés de feina en una empresa on l’explotaven i s’ha reencarnat en un altre món. Tot i que en Ryouta és viu, ara té l’inconvenient que el seu nivell en aquest nou món no pot pujar més enllà del nivell 1. Malgrat no poder pujar de nivell, té una habilitat única que li permet crear un objecte extraordinari que no existiria al món dels monstres. En saber això, s’ha augmentat al màxim les estadístiques amb l’ajuda d’elements per a millorar l’habilitat, i ha aconseguit una sèrie d’armes i objectes que només ell pot fer servir, la qual cosa ha fet que tingui l’equipació i les habilitats més fortes malgrat ser de nivell 1.

Mistarcia és un món màgic on els éssers humans, déus i dimonis es barregen. En el passat, el Bahamut negre i platejat alat havia amenaçat amb destruir la terra, però els éssers humans, déus i dimonis es van sobreposar a les seves diferències per a lluitar junts i segellar el seu poder.