La Touka Kuroizu és una assistent d'investigació que pertany al Departament de Desenvolupament de Monstres de la malvada organització Agastia. Tanmateix, l'enemic contra el qual ha de lluitar ara mateix no són els herois de la justícia, sinó el seu cap. Mentre existeixi la justícia, el mal també existirà. Aquesta és la història d'aquells que lluiten en secret a l'ombra de la justícia i l'enfrontament del mal.

En un alternativa època feudal del Japó, insectes gegants coneguts com "Mushi" comencen a aparèixer i a atacar la gent. Des de fa 100 anys estan portant el terror i la mort al país.

Un jove enginyer, en Tetsurou Okino, és traslladat a una empresa d’extermini de plagues anomenada Hato Industries amb el nou robot Bullbuster que ell mateix ha desenvolupat. Allà, Hato Industries, una petita empresa amb pocs diners, i el seu president Tajima s’enfronten a una criatura misteriosa. Hi ha costos de combustible per als robots, costos laborals per als pilots i, per descomptat, malgastar ni tan sols una bala és inacceptable. Entre els seus ideals d’extermini i la realitat del pressupost, què li depara el futur, a en Hato?

Fa molt de temps, tots els humans vivien sota el mar. No obstant això, algunes persones van preferir la superfície i van abandonar la vida sota l'aigua de manera permanent. Com a conseqüència d'això, van ser despullats de la protecció anomenada "Ena", que els permetia respirar sota l'aigua. Amb el temps, la fractura entre els habitants del mar i de la superfície es va anar ampliant, malgrat que el contacte entre tots dos pobles encara existia. "Nagi no Asukara" segueix la història de la Hikari Sakishima i la Manaka Mukaido, juntament amb les seves amigues de la infància, la Chisaki Hiradaira i la Kaname Isaki, que es veuen obligades a abandonar el mar i assistir a un institut de la superfície. Allà, el grup també coneix en Tsumugu Kihara, un company d'estudis i pescador que estima el mar. La Hikari i les vides dels seus amics es veuen obligades a canviar, ja que han de fer front a l'odi i a la discriminació entre la gent del mar i de la superfície, alhora que als canvis de les seves vides personals, i a una tempesta imminent que podria significar la mort per a tots els qui habiten a la superfície.

Diversos anys després d'un incident que va submergir el món en el caos, el món torna a estar en pau. Shadowverse s'ha tornat encara més popular, i l'Acadèmia de Batalla de Shadowverse (Acadèmia Shadoba) s'ha establert per a formar jugadors professionals.
En Light Tenryuu, un alumne de vuitè, rep la petició de trasllat d'en Wolfram Zelga, el fundador de l'Acadèmia. En Light, un complet novell de Shadowverse, decideix unir-se a un "Shadoba Club" perquè el seu millor amic, en Subaru Makabe, volia que ho fes. Els Shadoba Clubs són clubs formats per estudiants que es prenen seriosament Shadowverse, i n'hi ha set. En Light, per casualitat, decideix unir-se a un d'aquests clubs, Seventh Flame. Però Seventh Flame només té un membre i corre el perill de ser eliminat! Per tal de mantenir el club viu, en Light, juntament amb la Itsuki Mitsutagawa, la cap de Seventh Flame, i en Subaru Makabe, decideixen cercar nous membres. Però hi ha una persona sospitosa que s'amaga a l'ombra: en Haruma Hazeura, el cap del club Shadoba "First Reaper"...

La sèrie segueix a Tsukikage, un grup d'espies de secundària que obtenen poder de les "espècies" i lluiten en secret contra els sindicats del crim per protegir la ciutat.