Unes quantes dècades cap al futur, la humanitat està assetjada per una raça alienígena coneguda com els Nova. Aquests éssers inhumans deixen devastació al seu pas allà on apareixen, i els esforços per a evitar-los es coneixen com a Trobades de Nova. A les noies conegudes com a "Pandores" i els nois coneguts com a "Limitadors" se'ls implanten estigmes per a donar-los poders sobrehumans i se'ls entrena en acadèmies militars, on han d'aprendre a treballar junts, si volen que la humanitat tingui alguna oportunitat de sobreviure. Freezing explica la història de l'Aoi Kazuya mentre es prepara per al seu primer dia a l'acadèmia militar de West Genetics, just quan les Pandores estan duent a terme una batalla real. És aquí on confon Satellizer L. Bridget, una poderosa Pandora coneguda com a "Reina Intocable", amb la seva germana difunta i l'abraça. Ella decideix prendre'l com al seu Limitador. L'únic dubte és si la seva associació pot sobreviure o no a les maquinacions dels seus superiors i a la batalla imminent amb els Nova...