En Sousuke Sagara és un soldat d'elit que pertany a una força especial independent anomenada Mithril. Es tracta d'una força militar que lluita contra el terrorisme a tot el món. A en Sagara li assignen la tasca de protegir una estudiant d'institut japonesa anomenada Kaname Chidori. Per tant, es converteix en un alumne més i es trasllada a l'institut de la Kaname. Poc després d'això, es produeix el segrest de la Kaname. Sembla que la noia ha nascut amb els coneixements per a utilitzar els últims avenços tecnològics...