En un futur no tan llunyà, la humanitat ha avançat a un estat on és possible el trasplantament complet del cos a màquina. Això permet grans millores tant en la destresa física com en la cibernètica i difuminar les línies entre tots dos mons. No obstant això, els delinqüents també poden fer un ús complet d’aquesta tecnologia, cosa que provoca delictes nous i, sovint, molt perillosos. En resposta a aquests nous mètodes tan innovadors, el govern japonès ha establert la Secció 9, una unitat de policia que opera de manera independent i que tracta aquests delictes tan sensibles. Liderada per Daisuke Aramaki i Motoko Kusanagi, la Secció 9 tracta aquests crims, normalment amb èxit. Tanmateix, quan s’enfronta a un nou hacker d'alt nivell sobrenomenat “L’home que riu”, l’equip comença un perillós joc del gat i la rata, tot seguint les pistes que el hacker deixa pel Japó.