L’any 2045, després d’un desastre econòmic conegut com a "Default Global Sincronitzat", els desenvolupaments ràpids de la IA van impulsar el món a entrar en un estat de “Guerra Sostenible”. Tanmateix, el públic no és conscient de l'amenaça que la IA té per a la raça humana. La ciborg Motoko Kusanagi i el seu company Batou són antics membres de la Secció 9 de Seguretat Pública, que ara són contractats com a mercenaris i viatgen per la costa oest nord-americana càlida i devastada. Aquesta terra és plena d’oportunitats per a la Motoko i el seu equip, que utilitzen els seus cibercervells i habilitats de combat millorades durant el temps en què treballaven a la Secció 9. Tanmateix, les coses es compliquen amb l’aparició dels “posthumans”, que tenen una intel·ligència i uns poders físics extrems. Els membres de la Secció 9 es tornen a reunir per a afrontar aquesta nova amenaça.