Gosick té lloc a principis del segle XX, en un país ficitici anomenat Saubure. La història es centra en Kujo Kazuya, el tercer fill d'un soldat de l'exèrcit imperial japonès, que és traslladat a l'Acadèmia St. Marguerite, on hi ha llegendes i històries de por a totes les cantonades. Allà coneix la Victorique, una noia misteriosa, bonica i brillant, que mai va a classe, i passa els dies llegint el que hi ha a la biblioteca o resolent misteris d'alt nivell detectivesc.