Kanenone Gakuen és un institut d'únicament homes situat en una part rural del Japó. Tot i que un institut de només homes no és cap novetat, la vida pot arribar a ser força difícil quan no hi ha estudiants noies en molts quilòmetres a la rodona. Per tal de millorar la salut psicològica de tots els implicats, el consell escolar ha decidit provar de fusionar-se amb l’institut de només dones més pròxim. Els nois de Kanenone estan més que emocionats amb la perspectiva, i les noies tenen curiositat per saber com d’interessant pot ser la vida escolar en haver-hi nois al voltant. Abans de prendre cap decisió seriosa, les noies han estat convidades a estar-se un mes a Kanenone com a prova. Green Green segueix en Yuusuke Takazaki i els seus companys entremaliats, el trio de ximples, i la seva habilitat per parlar amb les noies sense caure en el patetisme. Però tan bon punt el bus escolar amb les noies arriba, les coses esdevenen estranyes, hormonals i histèriques. En particular, una noia anomenada Midori Chitose baixa del bus i de seguida abraça en Yuusuke, molt confós. És un noi amb molta bona sort amb les noies, o és que tots dos tenen una història compartida de la qual ell no és conscient?