Després de viure dos anys com un hikikomori, en Shintaro Kisaragi decideix baixar al carrer un calorós dia d’estiu per tal de comprar un teclat nou per a l’ordinador. Acompanyat de l’Ene, una mena de virus informàtic amb interfície de noia cibernètica sorollosa, rampelluda i impertinent; en Shintaro es veurà implicat en un incident que, sense saber-ho, capgirarà el seu món per a sempre. En el nou camí que se li obre, s'hi trobarà i coneixerà un munt de persones noves i no tan noves; i s'unirà per força a un grup anomenat la «Colla dels Ulls Embenats». Aquest grup mirarà de desentranyar un misteri que els connecta a tots.