Han passat dos anys i mig des que en Naruto Uzumaki va deixar Konoha, la Vila Oculta de la Fulla, per embarcar-se, amb el seu mestre Jiraiya, en un intens entrenament. Aquest entrenament té dos objectius: en Naruto creu que l’ajudarà a assolir la seva meta personal: rescatar el seu millor amic, en Sasuke Uchiha, de les mans de l’Orochimaru. Per a en Jiraiya, en Naruto s’ha preparat per enfrontar-se a una organització de ninges molt poderosos que volen prendre-li el Kyubi: Akatsuki. Akatsuki ha començat a moure fitxa i tot el món shinobi perilla. Malgrat que en Naruto ha crescut, continua sent el ninja número u capsigrany i hiperactiu. No obstant això, ara té molta més confiança i una determinació encara més gran per protegir els seus amics i la seva vila. En Naruto continuarà lluitant per aconseguir els seus objectius i tornar-se hokage, en una aventura on gairebé hi deixarà la pell més d’una vegada.