L'Acadèmia Waldstein és un institut dedicat a estudis sobre disciplines paranormals, sent conegut com l'Acadèmia Oculta. La Maya Kumashiro torna per assistir al funeral de l'exdirector, Junichiro Kumashiro, el seu pare. La Maya, una escèptica que odia l'ocultisme, es reuneix amb en Fumiaki Uchida, un agent del temps vingut des del futur i enviat a 1999 per evitar que les profecies apocalíptiques de Nostradamus succeeixin. Les prediccions indiquen que l'escola serà la zona zero del cataclisme que destruirà el món, hauran d'unir-se per descobrir quina és la clau que activa el principi de la fi.