La Madoka Kaname és una estudiant de secundària que porta una vida normal. Però llavors, coneix a una noia que havia vist per primer cop en un somni la qual persegueix un estrany animal que es troba mal ferit. Aquest ésser és capaç de fer realitat qualsevol desig a canvi de que es converteixi en una noia màgica, les quals tenen la missió de lluitar contra les bruixes. A partir d'aquest fet, la seva vida prendrà un canvi brutal.