Quan el salvatgisme de la humanitat supera la por a la mort, hi ha poca esperança per a aquells qui desitgen viure vides honestes. Sota una lluna plena, un jove és testimoni de l’assassinat dels bandolers que l’havien esclavitzat, i l’home que el rescata el bateja amb un nou nom. Aquest noi és en Shinta, ara conegut com a Kenshin Himura, i està destinat a convertir-se en un espadatxí. La tendresa del seu cor no encaixa amb la seva tasca, però el seu desig de protegir els innocents és absolut.
Rurouni Kenshin: Tsuioku-hen detalla els orígens de l'home que portarà el nom de Hitokiri Battousai molt abans de fer el jurament de no matar i abans de guanyar-se la reputació d'assassí. El cor del jove està dividit entre la justícia i la corrupció, mentre que el destí d'una nació depèn de les seves accions.