Diversos anys després d'un incident que va submergir el món en el caos, el món torna a estar en pau. Shadowverse s'ha tornat encara més popular, i l'Acadèmia de Batalla de Shadowverse (Acadèmia Shadoba) s'ha establert per a formar jugadors professionals.
En Light Tenryuu, un alumne de vuitè, rep la petició de trasllat d'en Wolfram Zelga, el fundador de l'Acadèmia. En Light, un complet novell de Shadowverse, decideix unir-se a un "Shadoba Club" perquè el seu millor amic, en Subaru Makabe, volia que ho fes. Els Shadoba Clubs són clubs formats per estudiants que es prenen seriosament Shadowverse, i n'hi ha set. En Light, per casualitat, decideix unir-se a un d'aquests clubs, Seventh Flame. Però Seventh Flame només té un membre i corre el perill de ser eliminat! Per tal de mantenir el club viu, en Light, juntament amb la Itsuki Mitsutagawa, la cap de Seventh Flame, i en Subaru Makabe, decideixen cercar nous membres. Però hi ha una persona sospitosa que s'amaga a l'ombra: en Haruma Hazeura, el cap del club Shadoba "First Reaper"...