El científic boig, Rintaro Okabe, la seva amiga de la infància, Mayuri Shiina, i el hacker otaku, Itaru «Daru» Hashida, fabriquen un telèfon microones que pot enviar missatges de text al passat. I el que és més, les paraules que envien poden afectar en el flux del temps i provocar conseqüències transcendentals, conseqüències que l'Okabe pot no ser capaç de manegar. Mentre van fent experiments, una organització anomenada SERN, que també han estat fent les seves pròpies investigacions sobre els viatges en el temps, els troba i ara el grup d'amics hauran de trobar una manera d'evitar que els del SERN els capturin.