Hi ha dos mons paral·lels, però no es coneixen entre si. Els mons sobreviuen gràcies al mana, l'origen de tota la vida. Quan un millora, l'altre empitjora. Cada món té un elegit, que és l'encarregat d'iniciar un perillós viatge per a despertar els Esperits Protectors, vèncer els desians i restaurar el flux del mana. En Lloyd, la Colette (l'elegida de Sylvarant), en Genis i la Raine, juntament amb en Kratos, un mercenari misteriós, comencen un viatge. En aquest viatge, descobriran quina és la veritat de la Regeneració del Món.