Fa molt de temps, tots els humans vivien sota el mar. No obstant això, algunes persones van preferir la superfície i van abandonar la vida sota l'aigua de manera permanent. Com a conseqüència d'això, van ser despullats de la protecció anomenada "Ena", que els permetia respirar sota l'aigua. Amb el temps, la fractura entre els habitants del mar i de la superfície es va anar ampliant, malgrat que el contacte entre tots dos pobles encara existia. "Nagi no Asukara" segueix la història de la Hikari Sakishima i la Manaka Mukaido, juntament amb les seves amigues de la infància, la Chisaki Hiradaira i la Kaname Isaki, que es veuen obligades a abandonar el mar i assistir a un institut de la superfície. Allà, el grup també coneix en Tsumugu Kihara, un company d'estudis i pescador que estima el mar. La Hikari i les vides dels seus amics es veuen obligades a canviar, ja que han de fer front a l'odi i a la discriminació entre la gent del mar i de la superfície, alhora que als canvis de les seves vides personals, i a una tempesta imminent que podria significar la mort per a tots els qui habiten a la superfície.

L'Aida Shizuka és a tres dies de ser executat per assassinar cruelment a la seva família quan un shinigami (déu de la mort) ve a visitar-lo. És la seva germana petita Hibiki, que ha vingut a assegurar-se que la seva ànima va a l'infern. La Hibiki té una altra missió en aquest viatge: concedir-li un últim desig a una nena que pateix d'una malaltia cardíaca, i arrossega el seu germà condemnat juntament amb ella. Aviat es fa evident que les coses no són tan simples com semblen, i fins i tot la culpabilitat de la Shizuka es posa en dubte. La Hibiki i la Shizuka prometen buscar junts la veritat sobre la mort de la seva família.