Pintada en vermell, la paraula "VON" és l'únic que resta després d'un atac terrorista a una instal·lació nuclear del Japó. El govern es veu afectat per la seva incapacitat d'actuar, i la policia cerca frenèticament maneres de trobar-ne els autors. El públic no en sap res: fins que, sis mesos després, un estrany vídeo apareix ​​a Internet. Al vídeo, dos nois adolescents que s’identifiquen com a “Sphinx” desafien directament la policia, amenaçant de provocar la destrucció i el caos a Tòquio. Incapaç d’aturar el pànic massiu que s’estén ràpidament per la ciutat i desesperada per avançar la seva investigació, la policia s'esforça per actuar eficaçment contra aquests terroristes, amb el detectiu Kenjirou Shibazaki atrapat al mig de tot. Zankyou no Terror narra la història de Nine i Twelve, els dos nois darrere de les figures emmascarades de Sphinx. No haurien d’existir, però continuen forts en un món d’enganys i secrets mentre fan que la ciutat caigui als seus pels, amb l’esperança d’enterrar la seva tràgica veritat.