El protagonista és en Tomoya Okazaki, un jove de secundària que es troba ressentit amb la seva vida. La seva mare va morir en un accident de trànsit, i el seu pare, que es va encarregar de la seva custòdia, es va llançar a la beguda, per la qual cosa en Tomoya està en conflicte amb ell. Aquest ressentiment amb la seva vida ha provocat que perdés interès en els seus estudis i en els altres, tot dedicant els seus dies a la delinqüència. Fins que un dia coneix la Nagisa Furukawa, amb qui comença a obrir el cor i a donar un gir a la seva visió de la seva vida.
Basada en la novel·la visual del mateix nom, és una versió alternativa dels fets que es produeixen a la sèrie de televisió.