Fa dos anys, el món va canviar per sempre. El jove Cloud Strife i la seva banda d'amics potser van derrotar en Sephiroth i van frustrar el seu pla per a fer caure un meteor gegant a la Terra, però aquesta victòria no va ser a canvi de res. La ciutat altament poblada de Midgar va quedar gairebé arrasada pel conflicte. Afortunadament, molts ciutadans van poder fugir-ne, i en els anys posteriors han format un nou poblat anomenat Edge. Final Fantasy VII: Advent Children gira al voltant d'en Cloud i la Tifa mentre miren de tenir una nova vida igual que els qui els envolten en aquesta nova ciutat. Junts, dirigeixen un servei de missatgeria i s'encarreguen de la filla adoptiva del seu amic Barret, la Marlene, i d'una jove òrfena de nom Denzel. La Denzel, en Cloud i nombrosos nens pateixen una misteriosa nova malaltia anomenada "geoestigma". Els nens de la ciutat tenen una altra amenaça a sobre: un trio d'homes poderosos segresta nens infectats amb raons desconegudes. En Cloud està decidit a salvar aquests joves, no només del geoestigma, sinó també dels segrestadors. No té ni idea, però, que aquests homes comparteixen un enllaç amb el seu vell enemic, en Sephiroth, i l'aventura d'en Cloud per a fer-los desaparèixer el posarà de nou en conflicte amb els dimonis del seu passat. Si hi ha alguna esperança de superar aquestes amenaces, és als llaços d’amistat entre en Cloud i els seus aliats, que ja van salvar el món una vegada, i ara ho han de tornar a fer.