La màgia no és real, tothom ho sap. Tot i que quan la fa un veritable expert, la màgia té la capacitat de sorprendre i meravellar el públic. En Kaito Kuroba, fill del famós mag escènic Touichi Kuroba, no és aliè a aquest fet. Ben versat en les arts de l’engany, en Kaito trastoca sovint la vida dels qui l’envolten amb trucs i bromes cridaneres. Però quan en Kaito ensopega accidentalment amb un passadís amagat a casa seva, descobreix un secret que podria haver estat ben bé la causa de la mort del seu pare ara fa vuit anys: el vestit blanc d'en Kid, el lladre fantasma. Volent saber més coses del seu pare, en Kaito es posa el vestit i cerca la Gemma de Pandora, que diuen que atorga la immortalitat. Tot i això, no és l’únic que cerca la joia: l’organització responsable de la mort del seu pare també hi va al darrere. "Magic Kaito" segueix el renaixement d'en Kaito Kid, el lladre fantasma de la nit. Utilitzant els seus maniquís, disfresses i la seva característica pistola de cartes, en Kaito es proposa robar les joies més precioses del món, tot descobrint la veritat darrere de la mort del seu pare i la rumorosa Gemma de Pandora al llarg del camí.