El protagonista, en Shiki Tohno, va ser afectat per un greu accident en la seva infància. Va quedar greument ferit i es donava per mort. Però, a causa de l'accident, en Shiki fou enviat fora de la casa dels Tohno, la seva casa. i fou assignat a la casa d'uns parents de la família. Però en Shiki guardava un secret. Des de l'accident, té la capacitat de veure unes línies en les coses que li permeten trencar-les amb facilitat.
En Shiki rep unes ulleres d'una noia que impedeixen que pugui veure les línies de mort. Gràcies a això, en Shiki pot dur una vida normal. Al cap d'un temps, en Shiki rep una carta: el cap de la família Tohno, el seu pare, havia mort. Per ordre del nou cap de la família, en Shiki ha de tornar immediatament. De camí cap a la casa dels Tohno, en Shiki es troba una noia misteriosa...