Un samurai rodamón de l'època Meiji mira de deixar enrere la seva carrera d'assassí. En Kenshin posa ara la seva espasa al servei dels més febles, una espasa de tall invertit que permet aplicar la seva poderosa i devastadora tècnica d'esgrima sense causar noves víctimes. Al seu voltant pul·lulen una sèrie de personatges inoblidables, tots sense família ni llar.

Al París del segle XVIII, es troba un taüt flotant al riu Sena. Duu el cadàver de la noble Lia de Beaumont, una espia del rei Lluís XV i el germà petit de la qual, Charles d'Eon, tot just ha estat nomenat cavaller. Quan es produeixen diverses desaparicions a París, el jove cavaller creu que poden estar relacionades amb la mort de la seva germana. Amb l'esperança de trobar-ne els assassins, d'Eon s'uneix a la policia secreta per a investigar els incidents. Seguint-ne les pistes, conclouen que una conspiració entre membres de la noblesa francesa i russa, esperonada per una secta, pot estar darrere de les desaparicions. D'Eon conclou que la Lia podria haver descobert la veritat mentre estava en una missió, i, de resultes d'això, va ser assassinada. Aquella nit, la policia secreta ha d’arrestar el duc d’Orléans sota la sospita de ser el cervell de l'operació. Un dels seus propis companys es transforma en un dimoni i massacra el grup. D'Eon mira de rescatar-ne l'únic supervivent, però acaba descobrint que ell també s'ha transformat. Durant la dura batalla, d'Eon és posseït per l'ànima venjativa de la Lia, que pren el comandament del seu cos i mata el dimoni. Ara, d'Eon ha d'aconseguir aliats i mirar de descobrir a fons l'origen d'aquesta conspiració sobrenatural.

Després d'estar 17 anys en coma per haver estat atropellat per un camió, en Yousuke Shibazaki, oncle d'en Takafumi Takaoka, recupera la consciència. Pel que diu l'oncle, un apassionat dels jocs de consola de SEGA, ha estat vivint tot aquest temps en un món paral·lel anomenat Gran Bahamal, on posseïa poders màgics i acomplia missions com als jocs de SEGA. En un principi escèptic, en Takafumi canvia d'opinió en veure que aquests poders també funcionen a la realitat.

Amb el temps, tots dos aprenen a conviure i a treure profit de les habilitats de l'oncle, que, a poc a poc, va mostrant tot allò que va viure a Gran Bahamal: una barreja de glòries i desastres que atraurà l'interès del nebot i de na Sumika Fujimiya, una antiga companya d'escola d'en Takafumi.

Acceptant reptes, aprenent dels fracassos, superant obstacles i vencent els millors del món, en Satoshi aconsegueix finalment el seu somni. El seu esperit aventurer, però, continua sent-hi, i no deixa d’explorar noves regions, descobrir Pokémon desconeguts i forjar amistats i rivalitats inesperades. A mesura que el món obre els seus amplis horitzons a en Satoshi, ell torna a trobar-se amb les persones que van ajudar a donar forma al seu transcendental camí cap a l’èxit. Un viatge llegendari s’acosta a la seva fi, però un altre de completament nou està a punt de començar, amb l’etern vincle entre els humans i els Pokémon.

El joc en línia The World té captivats milers de jugadors de tot el món; però passa quelcom imprevist: en Tsukasa, un jove jugador, queda atrapat dins del joc. Un grup de jugadors intrigats per ell i els misteris de The World intentaran apropar-s'hi per ajudar-lo. De mica en mica es descobreix que The World amaga misteris inexplicables i que l'estrany comportament d'en Tsukasa podria estar vinculat amb un misteriós element del lore de The World: la llegendària Clau del Crepuscle.